Ждите...
Спасибо.
Закрыть

Программный пакет ORFhunteR для автоматического определения открытых рамок считывания в молекулах РНК человека

Назначение

Пакет ORFhunteR предназначен для использования в фундаментальных и прикладных (клинических) исследованиях, связанных с изучением транскриптома нормальных и измененных (например, раковых) клеток человека. Позволяет автоматизировать процедуру обработки геномных данных, сократить затраты на выполнение исследований и интерпретацию результатов анализа экспериментальных данных.

Характеристика

Новизна разработки состоит в том, что пакет включает новейшую и наиболее точную из существующих методологию автоматического определения открытых рамок считывания в большом наборе молекул РНК, включающую обработку постоянно обновляемых экспериментальных баз данных геномного секвенирования следующего поколения, преобразование и предсказание генной информации с использованием усовершенствованных алгоритмов машинного обучения, в том числе последующую аннотацию кодирующей генной информации.

Доступна онлайн-версия пакета ORFhunteR.

Преимущества в сравнении с традиционными программными решениями:
  • позволяет осуществить высокоточное определение открытых рамок считывания молекул РНК человека (в ходе анализа более 170 000 молекул РНК из баз данных NCBI RefSeq и Ensembl точность составила 98,3 и 95,5% соответственно);
  • обеспечивает быстрое автоматическое определение открытых рамок считывания в большом наборе молекул РНК (до 200 000);
  • производит автоматическую аннотацию кодирующей генной информации;
  • интегрирует набор усовершенствованных алгоритмов машинного обучения и не требует больших вычислительных ресурсов для конвейерного анализа молекул РНК;
  • предоставляет возможность удаленной работы с приложением широкой научной аудитории пользователей в режиме онлайн через глобальную сеть Internet;
  • универсальность и, следовательно, потенциал для распространения (включает инструменты для анализа и аннотации генетической информации).
Применение

Учреждения здравоохранения, научные организации